Kärnan i Sanni Seppos fotografi är samhälleligt och dokumentärt.
I sina verk lyfter hon fram individer som lever på sitt eget sätt, i kläm på grund av olika sociala situationer. I verken har hon bland annat lyft fram människor som lever i andra länder och kulturer som försöker påverka samhället, dess värderingar, lyckobilder och förändring genom sina levnadssätt och handlingar. Andra teman inom hennes produktion är att möta främmande kulturer samt förhållandet mellan människa och natur. Som redskap för sitt konstnärliga uttryck använder hon fotografi och text.
Sedan 1992 har Seppo samarbetat med fotograf Ritva Kovalainen. I sina gemensamma arbeten har de behandlat det finska folkets mytiska relation till skogen samt skogsindustrins inverkan på kultur och natur. De arbetar undersökande och strävar samtidigt till ett starkt konstnärligt uttryck. Resultatet av samarbetet har blivit prisbelönta fotografiböcker, utställningar och filmer, vilka märkbart har påverkat diskussionen om den finska skogens värde.
Seppo grundade Suomen poliittisen valokuvan festivaali år 2013 och har verkat som fesivalens konstnärliga ledare.
Sanni Sepon valokuvauksen ydin on yhteiskunnallisuudessa ja dokumentaarisuudessa.
Hän nostaa töissään esiin yksilöitä, jotka elävät omaan tapaansa erilaisten sosiaalisten tilanteiden puristuksessa. Teoksissaan hän on kertonut muun muassa eri maissa ja kulttuureissa asuvista ihmisistä, jotka elämäntavallaan ja toiminnallaan pyrkivät vaikuttamaan yhteiskuntaan, sen arvoihin, onnenkuviin ja muutokseen. Muita teemoja hänen tuotannossaan ovat vieraan kulttuurin kohtaaminen sekä ihmisen ja luonnon suhde. Taiteellisen ilmaisun välineenä hän käyttää valokuvaa ja tekstiä.
Vuodesta 1992 alkaen Sanni Seppo on tehnyt yhteistyötä valokuvataiteilija Ritva Kovalaisen kanssa. Yhteisissä töissään he ovat käsitelleet suomalaisten myyttistä suhdetta metsiin sekä metsätalouden vaikutuksia kulttuuriin ja luontoon. Heidän työskentelytapansa on luonteeltaan tutkimuksellista ja samalla vahvaan taiteelliseen ilmaisuun pyrkivää. Yhteistyön tuloksena on syntynyt palkittuja valokuvakirjoja, näyttelyitä ja elokuvia, jotka ovat merkittävällä panoksella osallistuneet keskusteluun suomalaisen metsän arvoista.
Sanni Seppo on ollut 2013 perustamassa Suomeen Poliittisen valokuvan festivaalia ja toiminut sen taiteellisena johtajana.